Die dem BMVgBundesministerium der Verteidigung unmittelbar unterstellten Dienststellen sind vereinzelt keinem Organisationsbereich zugeordnet. Sie sind zwar nicht Teil des Verteidigungsministeriums, ihre Steuerung aber obliegt den fachlich zuständigen Bereichen im BMVgBundesministerium der Verteidigung. Die unmittelbar unterstellten Dienststellen sind das Einsatzführungskommando, die Führungsakademie, das Luftfahrtamt, das Planungsamt der Bundeswehr sowie das Zentrum Innere Führung. Das Bundesamt für den Militärischen Abschirmdienst ist als zivile Stelle dem BMVgBundesministerium der Verteidigung unterstellt.
Mit der Beteiligung an Auslandseinsätzen leistet Deutschland einen Beitrag zu weltweiter Sicherheit und Stabilität. Dem Einsatzführungskommando der Bundeswehr in Geltow bei Potsdam kommt dabei eine zentrale Rolle zu. Als operative Führungsebene ist es verantwortlich für die Planung und Durchführung aller Auslandseinsätzen der deutschen Streitkräfte. Zudem trägt es Sorge dafür, dass sich die Einsätze stets im Rahmen der Mandate des Bundestages und der deutschen Rechtsordnung bewegen. Das Einsatzführungskommando ist im Juli 2001 aufgestellt worden und nach dem Muster multinationaler Stäbe gegliedert. Befehlshaber der rund 800 Soldatinnen und Soldaten sowie zivilen Mitarbeiter ist seit Dezember 2021 Generalleutnant Bernd Schütt.
Die Führungsakademie der Bundeswehr mit Sitz in Hamburg ist die höchste Ausbildungsstätte der Truppe. Seit 1957 werden hier militärische Spitzenkräfte für ihre Aufgaben in den Streitkräften, der NATO, EU und den Vereinten Nationen vorbereitet. Das Aus- und Fortbildungsangebot durchlaufen zudem ausländische Offiziere aus rund 50 Partnerländern. Die Akademie bildet in jedem Jahr mehr als 2.000 Teilnehmer in über 30 verschiedenen Lehrgängen und Seminaren aus. Den vier Fachbereichen stehen rund 120 Dozenten und über 500 Gastdozenten zur Verfügung. Kommandeur der Führungsakademie ist seit Mai 2018 Generalmajor Oliver Kohl.
Das Luftfahrtamt der Bundeswehr hat seinen Hauptsitz in Köln und eine Außenstelle in Manching. Als nationale militärische Luftfahrtbehörde überwacht es den militärischen Flugbetrieb im deutschen Luftraum. Es arbeitet eng mit den zivilen Behörden zusammen, erlässt Vorschriften für die militärische Luftverkehrssicherheit und ist für die Prüfung und Zulassung von Luftfahrzeugen der Truppe verantwortlich. Das Luftfahrtamt der Bundeswehr ist im Januar 2015 aufgestellt worden, um die bisherigen Kompetenzen und Anlaufstellen zu bündeln. An der Spitze der rund 400 Soldatinnen und Soldaten sowie zivilen Mitarbeiter steht Generalmajor Dr. Jan Kuebart.
Der Militärische Abschirmdienst ist neben dem Bundesamt für Verfassungsschutz und dem Bundesnachrichtendienst der dritte von drei Nachrichtendiensten des Bundes. Die Zentrale mit fünf Abteilungen befindet sich in Köln. Hinzu kommen acht Außenstellen im gesamten Bundesgebiet. Das BAMADBundesamt für den Militärischen Abschirmdienst nimmt im Geschäftsbereich des BMVgBundesministerium der Verteidigung die Aufgabe einer Verfassungsschutzbehörde wahr. Er sammelt und wertet Informationen über verfassungsfeindliche Bestrebungen, Spionage- und Sabotageaktivitäten in der Bundeswehr aus. Er beurteilt zudem die Gefährdungslage von Einrichtungen der Truppe im In- und Ausland und führt Sicherheitsüberprüfungen von Bewerbern und Angehörigen der Bundeswehr durch. Dem BAMADBundesamt für den Militärischen Abschirmdienst gehören rund 1.200 Soldaten und zivile Mitarbeiter an. Präsidentin ist seit November 2020 Martina Rosenberg.
Das Planungsamt der Bundeswehr hat seinen Hauptsitz in Berlin und verfügt über eine Außenstelle in Taufkirchen sowie eine Verbindungsstelle in Suffolk/USA. Es erarbeitet Grundlagen für die zukünftige Ausrichtung und Weiterentwicklung der Bundeswehr. Die Analysen und Ergebnisse zu den Fähigkeiten der Truppe sowie Kooperationspotentialen mit internationalen Partnern liefern Erkenntnisse für die Abteilung Planung im BMVgBundesministerium der Verteidigung, insbesondere für die Finanz- und Ressourcenplanung. Das Planungsamt wurde im Oktober 2012 in Dienst gestellt und ist in vier Abteilungen untergliedert. Amtschef des Planungsamtes der Bundeswehr ist seit Juli 2019 Generalmajor Wolfgang Gäbelein.
Das Zentrum Innere Führung ist die zentrale Einrichtung der Bundeswehr für die Weiterentwicklung und Vermittlung des Konzepts der „Inneren Führung“. Es trägt dazu bei, dass das Leitbild vom „Staatsbürger in Uniform“ sowohl in der Truppe als auch in der Gesellschaft sichtbar und erlebbar wird. Die im Oktober 1956 gegründete Einrichtung hat ihren Sitz in Koblenz und verfügt über eine Außenstelle in Strausberg. Jährlich nehmen über 12.000 Personen am vielfältigen Lehr- und Bildungsangebot teil. Kommandeur der etwa 170 Soldaten und zivilen Mitarbeiter ist seit April 2020 Generalmajor André Bodemann. Seit 2017 sind diesem auch das Zentrum für Militärgeschichte und Sozialwissenschaften der Bundeswehr und das Militärhistorische Museum unterstellt.
Das Territoriale Führungskommando der Bundeswehr (TerrFüKdoBwTerritoriales Führungskommando Bundeswehr) ist verantwortlich für die operative Führung der Heimatschutzkräfte. Dazu gehören auch die Amts- und Katastrophenhilfe sowie die Zivil-Militärische Zusammenarbeit. Das Kommando organisiert darüber hinaus die Verlegung sowohl von deutschen Truppen als auch alliierter Kräfte durch Deutschland in enger Abstimmung mit den NATO-Kommandos (Host Nation Support).
Dem Kommando mit Sitz in Berlin sind die neben den 16 Landeskommandos, die Heimatschutzkräfte sowie die deutschen Anteile des Multinationalen Kommandos Operative Führung und des Joint Support Enabling Command, das Multinational CIMICCivil Military Co-Operation Command, die Kommandanturen der Truppenübungsplätze sowie das Wachbataillon beim Bundesministerium der Verteidigung unterstellt. Das TerrFüKdoBwTerritoriales Führungskommando Bundeswehr ist in ständiger Bereitschaft 24/7 operativ führungsfähig und kann bei Bedarf der Bundesregierung einen Krisenstab bereitstellen.