Das Amt des Wehrbeauftragten ist kein Organ des Verteidigungsministeriums. Im Grundgesetz wird er als Hilfsorgan des Parlaments bezeichnet (Art. 45 b des Grundgesetzes). Seine institutionelle Anbindung an den Deutschen Bundestag spiegelt die Kontrolle des Parlaments über die Armee wider. Denn die Bundeswehr ist eine Parlamentsarmee.
Der Wehrbeauftragte ist Anwalt der Soldatinnen und Soldaten. Jeder aus der Truppe, ob freiwillig Wehrdienstleistender oder hoher Offizier, kann sich direkt, ohne Einhaltung des Dienstweges, mit Beschwerden, Vorschlägen und anderen Anliegen an ihn wenden. Wegen Anrufung des Wehrbeauftragten darf ein Soldat nicht dienstlich benachteiligt werden. Das macht den Wehrbeauftragten zum Garanten des Prinzips der Inneren Führung.
Der Amtsinhaber hat weitreichende Befugnisse, er kann auch auf eigene Initiative handeln. So darf er jederzeit unangemeldet Kasernen besuchen und alle Akten des Verteidigungsministeriums einsehen. Weder der Bundestag noch der Verteidigungsausschuss dürfen ihm in dieser Hinsicht Vorgaben machen. Das ist weltweit einzigartig.
Einmal im Jahr legt der Wehrbeauftragte dem Parlament einen Bericht über seine Arbeit vor. Darin sind die Anliegen der Soldaten zusammengefasst, Missstände in der Truppe werden offengelegt. So ergibt sich ein umfassendes Bild vom inneren Zustand der Bundeswehr. Der Jahresbericht wird nach seiner Veröffentlichung im Bundestag debattiert. Außerdem nimmt das Verteidigungsministerium schriftlich Stellung dazu. Auf der Internetseite des Bundestages lässt sich der Jahresbericht des Wehrbeauftragten einsehen.
Der Wehrbeauftragte wird auf fünf Jahre von den Mitgliedern des Bundestages gewählt und vom Bundestagspräsidenten ernannt. Vorschlagsberechtigt sind der Verteidigungsausschuss sowie die Fraktionen des Bundestages. Der Wehrbeauftragte ist kein Beamter, er darf zur gleichen Zeit kein anderes besoldetes Amt bekleiden und keinen anderen Beruf ausüben. Sein Bundestagsmandat muss er aufgeben.